La gobernabilidad de la Fundación Universidad de las Américas Puebla está definida en su Estatuto Orgánico, en el cual se reconoce al Patronato como la autoridad máxima con posesión y custodia del patrimonio de la Universidad y que tiene la decisión final en la selección del Rector.

El Consejo Empresarial es una estructura colegiada de decisión, vigilancia y protección de la integridad institucional. Dicho Consejo observa el plan estratégico, las acciones y metas alcanzadas de la UDLAP, reconociendo el impacto que éstas tienen en el cumplimiento de la misión institucional.

El Consejo Académico es un órgano legislativo en materia académica y el Consejo Administrativo es un órgano legislativo en materia de administración, reconocidos por el Patronato de la Fundación Universidad de las Américas Puebla.

La institución, ha desarrollado su propia estructura organizacional, para dar comienzo a una identidad y filosofía universitaria que permita alcanzar los objetivos institucionales, regular la influencia de las variaciones individuales sobre la organización y definir el nivel de toma de decisiones en la estructura. Por esta razón la universidad establece el siguiente organigrama:

El Consejo Empresarial, propondrá candidatos al Patronato de la Fundación Universidad de las América Puebla, el cual nombrará al Rector, en quién delegan autoridad y facultad para desempeñar su cargo como Jefe Ejecutivo.